穿梭车货架系统依靠穿梭车在货架轨道中可自行堆栈的特性，托盘货物的深度设计可以尽可能多，并且每个单元中可存放不同品项的货物。存放的货物可根据不同的品类、不同的批次，实现大批量的有序存储，方便仓库管理。
穿梭车货架系统在设计时，可以根据仓库的长宽尺寸，顺着物流动线的方向布置。利用穿梭车货架系统的深度优势，设计为一端入货，另一端出货，即货物先进先出。从而货物在出库时，可以大幅度减少叉车的行驶距离，进一步提高货物出入库的效率。
综合考虑穿梭车货架系统的特点及功能，其对于仓储容量要求大、货物批量与品种数量(SKU)较多及出入库效率高的合储需求有相对较明显的优势，所以在快速消费品行业、冷链仓储行业、食品饮料行业、医药、烟草等行业特别是生产型企业的原料仓库都有很强的适用性。
现阶段，自动化仓库已成为现代仓储的发展热点，自动化立库纷纷“拔地而起”。穿梭车如果只是配合叉车来完成存取作业，只是一个半自动化的物流系统，自动化程度不高，相应的人员配置也没有太大的减少。穿梭车应用到自动化仓储系统(AS / RS)的案例在国外已经有很多。
利用穿梭车本身的配置与堆垛机相互通信，配合仓库管理系统，构成了穿梭车立库。该方案既可以减少传统自动化仓库中堆垛机及巷道的数量，又可以更大地利用高度和深度的空间，从而增加仓库利用率，降低系统投资成本。

从以上方案的对比不难看出，在相同的仓库内，采用穿梭车立库方案能存放的托盘数量要比双深度的立库方案高11%。双深的立体库方案需要多配置2台堆垛机，相同价格可以配置8台穿梭车，而穿梭车立库的方案只需要配置6台穿梭车。另外，穿梭车先进先出的出货顺序，也可以配置为相邻两台堆垛机配合存取货物，使货物的流转更灵活。在一台堆垛机维护的情况下，可以使用穿梭车从另一端对货物进行存取操作，应急能力更强。因此，在出入库量满足的情况下，选择穿梭车立库的方案，可以提高库容，降低投资成本。这种方案非常适用于建库成本较高的冷链仓储行业，并能大大提高后期的仓储收益。